L'Institut est organisé en 5 départements :
• Biochimie, biophysique et biologie structurale
• Biologie cellulaire
• Biologie des genomes
• Microbiologie
• Virologie
L’unité est constituée de 70 équipes de recherches, 15 plateformes technologiques, provenant de 8 unités de recherches (CGM, IBBMC, IGM, ISV, LEBS, VMS, SB2SM, SBiGeM)
L’institut est réparti sur 3 sites de recherche (Campus d’Orsay de l’UPSud, Campus du CNRS de Gif sur Yvette et Campus du CEA de Saclay) au sein de 14 bâtiments jusqu’au rassemblement programmé en 2019 sur le campus du CNRS de Gif.
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